Марчелло Липпи стал тренером «Ювентуса» в 1994 году, и уже в первом сезоне при нём клубу покорилось скудетто. Именно с этим временем связана эпоха таких футболистов, как Чиро Феррара, Роберто Баджо, забивной пары Виалли — Раванелли и, разумеется, Алессандро Дель Пьеро, который вскоре потеснит Баджо на его троне.
Успех внутри страны «Ювентус» подкрепил вторым титулом победителя Лиги Чемпионов (1996). Исход финального противостояния с «Аяксом» решался в серии пенальти. Удача была на стороне «бьянконери»: решающий удар реализовал защитник Владимир Югович, ставший на пару с блистательным голкипером Анжело Перуцци главным героем поединка. В последующие годы Липпи начал формирование новой команды, костяк которой составили Зинедин Зидан, Филиппо Инзаги, Эдгар Давидс. После успеха 1996 года «Юве» дважды побеждал в национальном первенстве и ещё один раз — в Суперкубке Европы. В последующие годы клуб три раза останавливался в шаге от третьего Кубка Чемпионов: в 1997 году трофей достался «Боруссии» (Дортмунд), в 1998 — мадридскому «Реалу», в 2003 году — Милану.
В 1998 году тренер «Ромы» Зденек Земан выдвинул обвинение против врачей «Ювентуса», которые, по его мнению, выдавали футболистам допинг в период с 1993 по 1998 год. После нескольких лет официальных разбирательств и двух судов с «Ювентуса» были сняты абсолютно все обвинения. Впоследствии Липпи оставил клуб и продолжил работу в «Интере».
После не очень удачной работы Карло Анчелотти в «Ювентусе» Марчело Липпи вернулся в «Старую Сеньору». Из «Ювентуса» ушли ряд лидеров клуба, в том числе Зинедин Зидан и Филиппо Индзаги. Зидан не хотел уходить из «Ювентуса» в Реал но на этом переходе настояла жена футболиста, которую не устраивал суровый туринский климат, таким образом Реал купил Зидана у «Ювентуса» за рекордные 75 миллионов евро. После того как Карло Анчелотти перешёл из «Ювентуса» в Милан, он начал настаивать на том, что бы руководство «россонери» купило у «Ювентуса» Филиппо Индзаги. Руководство «Ювентуса» было не против продать Индзаги в виду того, что у итальянца сложились плохие отношения с партнёрами по команде Алессандро Дель Пьеро и Давидом Трезеге. После долгих переговоров, Индзаги таки перешёл в Милан. Миланцы заплатили «Ювентусу» за нападающего 31 миллион евро добавив к деньгами права на Кристиана Дзенони. На вырученные с продажи футболистов деньги, Липпи пригласил в «Ювентус» ряд других футболистов: Павла Недведа, Марсесо Саласа , Лилиана Тюрама, Джанлуиджи Буффона. Он привёл «Ювентус» к победам в Чемпионатах 2001/2002 и 2002/2003, а также с «Ювентусом» дошёл до финала Лиги Чемпионов, где в финале уступил «Милану» по пенальти. В 2004 году Липпи ушёл из «Ювентуса» и стал тренером национальной сборной, завоевав вместе с ней «золото» чемпионата Мира 2006.